در ادبیات اقتصادی چند تعریف مشخص برای کسری بودجه وجود دارد اما رایج‌ترین آن، در نظر گرفتن کسری تراز عملیاتی به مثابه کسری بودجه است. در این تعریف، درآمدهای جاری دولت (مالیات و …) از هزینه‌های جاری آن (حقوق کارکنان و …) کم می‌شود و به کسری آن، کسری تراز عملیاتی یا کسری بودجه گفته می‌شود.
توجه به این نوع از کسری بودجه در حالی می‌تواند به تحلیل دخل و خرج دولت کمک کند که واقع‌بینانه باشد. در ساختار بودجه‌ریزی ایران، سال‌هاست که برخی هزینه‌ها در خارج جداول بودجه و در قالب تبصره‌ها به دولت تکلیف می‌شود. بنابراین، کسری تراز عملیاتی یک عدد را نشان می‌دهد در حالی که کسری کل بودجه با احتساب تکالیفی که در تبصره‌ها نشسته، رقمی به مراتب بزرگ‌تر است. دولت چهاردهم تلاش کرده تا در بودجه سال ۱۴۰۴، تا حدی این بی‌نظمی مالی را کاهش دهد و برخی احکام تبصره‌ای مثل سهم نیروهای مسلح و منابع هدفمندسازی یارانه‌ها به جداول اضافه شده و به همین دلیل سطح کسری بودجه نسبت به مصوب ۱۴۰۳ جهش قابل‌توجهی پیدا کرده است.
برای مثال، طبق گزارشی که مرکز پژوهش‌های مجلس منتشر کرده، در لایحه بودجه سال ۱۴۰۳، کسری تراز عملیاتی ۳۰۵ هزار میلیارد تومان بوده اما زمانی که سایر کسری‌ها از بطن تبصره‌ها به محاسبات اضافه شده، این کسری تا بالای یک هزار همت افزایش یافته است. به عنوان مثال، کسری دولت از محل هدفمندی یارانه‌ها ۲۷۱ همت و از محل بدهی به سازمان تامین اجتماعی ۱۵۰ همت بوده است. مجموع این موارد و سایر کسری‌ها در سال ۱۴۰۳ به یک هزار و ۱۳۴ همت می‌رسد.
براساس برآوردهای مرکز پژوهش‌های مجلس، هزار و ۱۳۴ هزار میلیارد تومان کسری بودجه برای سال ۱۴۰۳ پیش‌بینی شده است که این میزان از کسری می‌توانسته یکی از دلایل عدم تصویب این لایحه در مجلس بوده باشد.
در سال جاری نیز با تجمیع‌کردن منابع هدفمندی یارانه‌ها، سهم نیروهای مسلح و برخی موارد دیگر، کسری تراز عملیاتی به یک هزار و ۸۰۵ همت رسیده است. بنابراین، به نظر می‌رسد کسری بودجه لایحه ۱۴۰۴ در مقایسه با کسری بودجه واقعی لایحه ۱۴۰۳ در یک مقیاس عددی بوده و هر دو در سطحی بالای یک هزار همت قرار دارند. کسری بودجه لایحه سال آینده در صورتی شاهد یک رشد نجومی می‌شود که با کسری تراز عملیاتی سال ۱۴۰۳، و نه کسری بودجه کل، مقایسه شود.